纽约市下水道,四只小海龟和一只小老鼠由于接触她嫁给城主几年了,她不爱城主,照理说,遇到这种情况她一个妇人不应该这么拼命的抗拒才对,反正城主已经死了,她也跟着离开了地下城,即便她的心里有着少城主石青峰,在陈源酒醉的情况下,即便真的失了身,只要她不说出去,也不会有人知道。了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激清的拉斐尔(乔什·帕斯 Josh Pais饰),幽默风趣的的米开朗基罗(迈克林·西提 Michelan Sisti饰),个性沉稳的多纳泰罗(雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰)以及他们的领导者达芬奇(大卫·福尔曼 David Forman饰),这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌,在多次行侠仗义后,与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭,由于寡不敌众,忍者神龟受了重伤,同时,他们的老师也被这个神秘组织抓去。